新加坡南安会馆的发展历史是和凤山寺历史息息相关的。清朝道光十六年（1836年），先贤梁壬癸等兴建凤山寺于青山亭附近（丹戎巴葛地铁站的华利街）。同治七年，又由前贤蔡鹏南﹑宋麒麟等发起重修，直到光绪三十三年（丁未年），青山亭原址因受城市发展影响，获赔偿地价五万元，理事遂物色到现址摩哈末苏丹路建寺。凤山寺还在青山亭附近，未迁徙之前即已成为南安邑人聚集地，迁址后又创办南明学校，参加的邑人更加踊跃。

1924年，先贤王嘉禄﹑侯西反﹑林水枞﹑林神扶﹑洪光腾、李光前、梁宙等人发起倡立“南安会馆”，并在并在凤山寺召开会议。1926年南安会馆理事会正式成立，并在安祥山购下五间两层店屋，以门牌59号为会址，其他四间则出租，以维持会馆的经费。当时出任第一届的会长是王嘉禄先生。

王嘉禄担任第一届和第三届会长，随后由梁少山先贤继任。会馆章程随后修改为委员制。侯西反先贤蝉联常务主席数十年，直到抗战时期受令离境为止。之后，周献瑞先贤续任主持会务，并协助筹赈抗战工作。当日军南下时，会址成为抗日义勇军的总部。日军攻陷星洲后，会馆当事人为免无谓牺牲而焚毁有关文件，并设法离境逃亡，其中林谋盛烈士为佼佼者。

1945年杪，梁后宙﹑周献瑞﹑林建达等先贤起而领导复兴工作，一致推选周献瑞先贤为常务主席。

1950年，会馆依照1940年公司法令申请注册为非营业谋利之有限公司，终获政府批准。到了1962年，主席林建达前贤于第27届新职员宣誓就职典礼时再度提重修会馆事宜，立刻获得良好反应。

1963年林建达前贤在健康欠佳的情况下提出辞呈。由卓金树前贤继任主席，并继续筹建新会所工作，初期拟在安祥山原址改建成4层楼大厦，过后经多次探讨议定在摩哈末苏丹的凤山寺前空地，兴建一座5层楼高的南安会馆大厦。

1967年6月，卓金树前贤因病去世，林建达前贤又重选为主席，唯在翌年改选时，因健康欠佳表示不愿连任，吴鸿业前贤在众望所归下当选为新任主席，继续领导建会所工作。

在各方出钱出力﹑奔走筹措之下，筹得建厦基金数十万元之多。大厦图样在政府批准后招标承建，并于1970年1月10日举行隆重奠基礼﹑由名新加坡南安会馆简史誉主席黄奕欢前贤主持仪式。七年后，也就是1977年1月15日，藉会馆金禧纪念之际，举行包括新厦落成在内的双喜庆典。

吴鸿业前贤从1968年起担任主席一职，直到1977年，由李坤成乡贤接任，并于1980年再由林建达前贤继任为第36届主席。

1982年，林文鸳前贤在众理事推选下出任主席，在任的12年期间积极发展会务，尤其在促进桑梓乡谊方面更是不遗余力。1988年，会馆领导鉴于接班人问题的迫切，遂在9月15日成立青年团，使会馆的会务活动上有多元化的一面，也为会馆的文化艺术和传统节庆活动做出了贡献。

1994年第43届理事改选，由年轻企业家黄国庆先生接任主席后，立即着手进行重修凤山寺，且增设多用途的南风阁会议厅，扩大礼堂大门。

1996年至1999年黄国庆乡贤连任第44届和45届会馆主席。1996年4月8日至11日举行五庆大典及成功举行世界南安同乡联谊会第3届恳亲大会。此外，也继续加强推展各项活动，为会馆奠定了更稳固的基础。

2004年陈英来乡贤众望所归接任第48届和第49届会馆主席至2007年。任职期间，积极罗致南安的青年才俊入会，强化整个队伍的力量。

由会馆管辖的百年古刹凤山寺再次遭受白蚁侵蚀，破坏程度十分严重，会馆成立第四次重修委员会“凤山寺国家古迹重修委员会”展开筹备修缮工作，邀请北京故宫博物院专家前来协助勘查与策划，拟定重修蓝图。

2006年11月，会馆隆重举办五庆大典活动，以“庆团圆凝聚南安心，喜相逢升华乡梓情”为主题，举办纪念会馆成立80周年，主办《第一届南安经济论坛@新加坡》、凤山寺建寺170周年、青年团成立18周年及互助会成立48周年五大庆典，来自五洲四海的5000名嘉宾欢聚狮城，畅叙乡情，共谋发展。

2008年拿督林金聪乡贤接任第50届主席，2009年因健康原因而辞卸。

2009年，时龄39岁的年轻企业家陈奕福乡贤接任至今，为当时最年轻的宗乡会馆团体领袖。凤山寺修复工程2009年顺利完成，历时5年耗资250万元修缮的凤山寺，重现辉煌，恢复昔日风采。为了筹募重修基金，重修委员会举行了多项筹款活动：会馆和新加坡华乐团联办了“潘秀琼演唱会”、邀请世界著名指挥家朱辉先生第一次以交响乐指挥的身份，客串指挥新加坡华乐团演出“梁祝”音乐会，以一砖一瓦为重修工程筹款；期间李氏基金会慷慨捐献100万元；在同年广泽尊王千秋盛宴上，以从古刹取下的百年古砖“牛踏砖”予捐献5000元的善长仁翁；向法国著名酒庄订购且限量出品“南安红酒”义卖，南安两字为本会永久名誉会长陈瑞献乡贤、我国国宝级多元艺术大师题字。2009年7月成立《南安艺文社》旨以推动和研究学术、文化艺术、培植艺术和文化人。

2010年即岁次庚寅年二月廿二日南安会馆第51届执监委会的委员在常务主席陈奕福乡贤率领、广祥法师主持，聚集风山寺大殿前，举行隆重简约诸佛神明陞座仪式；入暮时分《南国飞风歌舞今宵》歌台表演上场。隔天晚上，举行盛大千人晚宴，晚宴上，陈奕福主席颁发委任状给名誉顾问、名誉会长、会务顾问、荣誉委员；重修委员会主席吴一贤乡贤则颁发“牛踏砖”给凤山寺重修期间落力捐献的乡亲及各界善长仁翁。大复原的浩大工程圆满竣工后，凤山寺荣膺联合国教科文组织亚太文化资产保存卓越奖，并于11月23日举行隆重授奖典礼。

2011年，会馆举办规模最大为期七天“携子寻根南安游”活动，透过老一辈带领新生一同寻根谒祖，让年青人感受家乡的风土人情、地理风貌，从而加深他们对家乡的解，报名参加人数达138人。同年会馆联袂新加坡华乐团在凤山寺前呈献“雅俗共SCO华韵飘扬凤山寺”户外音乐会，吸引超过800人出席。

2013年市区重建局在会馆礼堂举行“旧建筑修复工程奖”颁奖典礼。凤山寺由于修复工程的出色表现，是唯一一个修复工程甲组作品，获市区重建局颁发“旧建筑修复原貌奖”。同年，南安会馆凭百年古刹凤山寺经历历时五年规模庞大的修复工程为最具特色的一项特殊成就，荣获由新加坡宗乡会馆联合总会举办《2013年度杰出会馆奖》。

2014年11月18日至21日在圣淘沙名胜世界会议中心主办主题为“南安精神•魅力狮城”的第12届世界南安同乡联谊会恳亲大会”同时庆祝南安会馆成立88周年庆。两年一度的恳亲大会，是海内外乡亲相聚，促进交新加坡南安会馆简史流、了解，加强彼此的联系；同时加深海内外民间的经济与文化交流及合作，对区域性的经济和公益事业发展，发挥了积极的作用。

目前，现有南安籍的新加坡人约有40多万人，祖籍地分布在诗山、翔云、梅山、罗东、丰州、柳城、美林、乐峰、水头、官桥、石井等乡镇。早在2007年南安市总商会代表处设于南安会馆，在敦睦乡谊、传承文化之余，也与中国及其他各地商会，进行紧密的商业联系。南安会馆成立附属组织新加坡南安商会，提供合作投资和贸易发展的平台，进而达到互惠双赢的目的。2015年11月19日新加坡南安商会在南安会馆礼堂举行揭牌仪式。

为感谢年长一辈对家庭、国家的付出和贡献，会馆自2016年开始，于农历九月初九的重阳节前后，为社区老人举行“重阳爱心暖狮城”活动，免费设午宴和安排舞台节目招待老人家，为他们佳节送暖。2020年时因疫情而停办。

2023年9月29至10月8日主办首届“新加坡福建南安文化节”。这项为期10天的活动共吸引了3万人到场参加，活动内容包括：南安会馆介绍、凤山寺导览、李光前堂内的20多项文化讲座、文化长廊、户外舞台表演和美食节等等。这项活动缔造了本地社团主办文化节的记录，也获得许多公众正面和热情的反馈。