新加坡南安会馆的发展历史是和凤山寺历史息息相关的。清朝道光十六年（1836年），先贤梁壬癸等兴建凤山寺于青山亭附近（丹戎巴葛地铁站的华利街）。同治七年，又由前贤蔡鹏南﹑宋麒麟等发起重修，直到光绪三十三年（丁未年），青山亭原址因受城市发展影响，获赔偿地价五万元，理事遂物色到现址摩哈末苏丹路建寺。凤山寺还在青山亭附近，未迁徙之前即已成为南安邑人聚集地，迁址后又创办南明学校，参加的邑人更加踊跃。

为了直落亚逸填土计划的需要，海峡殖民地政府在1905年征用寺地，当年的寺董利用赔偿金在莫哈末苏丹路（俗称水廊头的地方）购地重建凤山寺。

重建工程自1908年开始至1913年竣工，即现在的水廊头凤山寺。

有鉴于邻里有不少儿童失学，凤山寺借用寺内左右两侧侧廊创办南明学校。收容贫寒学生百多名，不分籍贯，让他们上学。南明学校在1930年因为学生人数逐年减少而停办。

南安会馆正式接管凤山寺。

水廊头凤山寺被古迹保留局列为国家古迹。

由会馆管辖的百年古刹凤山寺再次遭受白蚁侵蚀，破坏程度十分严重，会馆成立第四次重修委员会“凤山寺国家古迹重修委员会”展开筹备修缮工作，邀请北京故宫博物院专家前来协助勘查与策划，拟定重修蓝图。

获得联合国教科文组织颁发的亚太文化资产保存卓越奖。

2013年市区重建局在会馆礼堂举行“旧建筑修复工程奖”颁奖典礼。凤山寺由于修复工程的出色表现，是唯一一个修复工程甲组作品，获市区重建局颁发“旧建筑修复原貌奖”。同年，南安会馆凭百年古刹凤山寺经历历时五年规模庞大的修复工程为最具特色的一项特殊成就，荣获由新加坡宗乡会馆联合总会举办《2013年度杰出会馆奖》。

凤山寺自建寺以来历经四次重修，依次为1868年、1976年、1994年、及2004年落架大修。特别是2004年的落架大修获得国际级的肯定，得到联合国教科文组织颁发的亚太文化资产保存卓越奖，它也是本地唯一一座获得这项殊荣的庙宇。